Entende-se como gestão dos CEUs o planejamento e a condução das ações necessárias ao pleno funcionamento do equipamento, visando à excelência dos serviços oferecidos. Para tanto, é fundamental a participação social, que deve ser potencializada pelo processo de mobilização da comunidade local, ou seja, pela criação de um espaço público de encontro, debate e construção de agendas coletivas. Os resultados desse processo são o fortalecimento da comunidade, a promoção da articulação com entidades, instituições e o poder público local para o desenvolvimento de múltiplas atividades, tornando o CEU uma referência no território e potencializando seu uso e sua sustentabilidade.

Visando consolidar a participação social na gestão dos CEUs, os entes federados (municípios) devem constituir Grupos Gestores tripartites para cada equipamento, compostos por um terço da sociedade civil (moradores e trabalhadores do entorno), um terço da sociedade civil organizada (associações, organizações não governamentais, etc) e um terço do poder público local (secretarias e órgãos municipais dos diversos setores atuantes no CEU). O Grupo Gestor deve ser instituído por decreto ou portaria municipal como resultado do processo de mobilização social.

Dessa forma, além da construção civil, da aquisição e da instalação de equipamentos e mobiliários, a implantação de um CEU inclui necessariamente uma etapa de mobilização social, para a qual a União disponibiliza R$ 21.950,00 (vinte e hum mil, novecentos e cinquenta reais) por CEU a fim de custear parte das atividades necessárias à constituição dos Grupos Gestores, centradas na realização de oficinas visando mobilizar as comunidades dos Territórios de Vivência para participar da gestão dos equipamentos.

A execução e a prestação de contas dos recursos disponibilizados pela União para apoiar a etapa de mobilização social dos CEUs é regulamentada pela Portaria nº 95 de 17 de setembro de 2014 (que revogou a Portaria nº 1 de 10 de janeiro de 2012), que define os objetivos, as metas e a documentação para comprovação da execução do objeto da etapa.